Обучение специалистов здравоохранения по дополнительным профессиональным программам может проводиться как за счёт средств федерального бюджета, так и на договорной основе, в том числе за счет средств нормированного страхового запаса территориального фонда обязательного медицинского страхования.

За счет средств федерального бюджета обучаются работники государственных и муниципальных организаций в соответствии с заявками органов управления здравоохранением субъектов Российской Федерации и муниципальных образований в рамках реализации ежегодно устанавливаемого государственного задания на оказание соответствующих государственных услуг (приказ Минздрава России от 3 августа 2012 г. № 66н).

На договорной основе обучаются работники органов управления здравоохранением и государственных (муниципальных) учреждений здравоохранения РФ по заявкам органов управления здравоохранением и государственных (муниципальных) учреждений здравоохранения РФ при отсутствии бюджетных мест на плановых циклах (циклах, проводимых ФДПО в соответствии с учебно-производственным планом), на внеплановых циклах, в соответствии с информацией о проведении внеплановых циклов, работники органов управления здравоохранением и государственных (муниципальных) учреждений здравоохранения РФ, работники других учреждений, частные предприниматели и временно не работающие специалисты по личным заявлениям.

Граждане иностранных государств могут проходить обучение на ФДПО только на договорной основе. Иностранные документы об образовании при ввозе в Российскую Федерацию с целью их дальнейшего использования, подлежат процедуре признания (нострификации), которая осуществляется Федеральной службой по надзору в сфере образования и науки (Рособрнадзор). Допуск к профессиональной деятельности для иностранных граждан осуществляется Федеральной службой по надзору в сфере здравоохранения (Росздравнадзор).