Факультет усовершенствования врачей организован приказом Министерства здравоохранения Российской Федерации 28 декабря 1988 г. Первых слушателей факультет принял уже в январе 1989 г.

С момента основания и до 1989 г. руководителем факультета стал профессор, д.м.н. Басиев Заурбек Георгиевич, академик Российской Академии Естествознания. За заслуги в разработке приоритетных направлений науки и техники, создании научных школ, воспитании и подготовке научных кадров Басиеву З.Г. присвоено почетное звание "Заслуженный деятель науки и образования».

В дальнейшем, в течение 10-ти лет, до 1999 г. факультет возглавлял доцент Аладжиков Шамиль Николаевич, внесший значительный вклад в становление и развитие факультета. В 2003 г за заслуги в области здравоохранения Шамиль Николаевич удостоен звания «Заслуженный врач Республики Северная Осетия-Алания».

Первоначально в состав факультета входили 4 кафедры, - кафедра терапии и общей врачебной практики (заведующий кафедрой профессор, д.м.н., заслуженный врач Российской Федерации и РСО-Алании Бурдули Николай Михайлович), кафедра хирургических болезней № 3 (заведующий кафедрой профессор, д.м.н., заслуженный врач Российской Федерации, заслуженный врач Республики Северная Осетия-Алания Кульчиев Ахсарбек Агубеевич), кафедра детских болезней № 3 (заведующий кафедрой профессор, д.м.н., заслуженный врач Республики Северная Осетия-Алания Касохов Тимофей Борисович), кафедра акушерства и гинекологии № 1 (заведующая кафедрой профессор, д.м.н., заслуженный врач Российской Федерации Цидаева Татьяна Ильинична).

В 1999 г. факультет преобразован в Факультет последипломного образования врачей, значительно расширена материально-техническая и методическая база, увеличен перечень специальностей и программ, по которым проводится обучение.

С 1999 г. по сентябрь 2013 г. факультетом руководит профессор, д.м.н., заслуженный врач Российской Федерации и Республики Северная Осетия-Алания Бурдули Николай Михайлович. Под руководством Бурдули Н.М. при содействии руководства Академии, на факультете обучались врачи не только Республики Северная Осетия-Алания, но и других республик Северного Кавказа.

Достойный профессиональный и гуманитарный уровень обучения, заданный этими учеными и руководителями, Академия сохраняет и по сей день, - профессорско-преподавательский состав кафедр, участвующих в реализации программ дополнительного профессионального образования, программ подготовки кадров высшей квалификации, программ высшего образования характеризуется высоком профессиональным уровнем.

В настоящее время в обучении врачей, ординаторов, иных слушателей участвуют более 20-ти кафедр различного профиля. Среди слушателей как врачи из муниципальных, региональных, иных лечебный и лечебно-профилактических учреждений, так и преподаватели медицинских образовательных учреждений, руководители и администраторы здравоохранения. Ежегодно более 1000 слушателей и ординаторов успешно проходят обучение по различным программа дополнительного профессионального и высшего образования.