Краевое государственное бюджетное учреждение здравоохранения «Красноярский краевой Центр медицинской профилактики» (далее– ККЦМП) был создан в 1996 году приказом управления здравоохранения администрации Красноярского края от 15.11.1996 № 134-орг. Главным врачом ККЦМП была назначена Шабунина Александра Михайловна – бывший руководитель профсоюза медицинских работников Красноярского края. ККЦМП располагался в здании управления здравоохранения администрации Красноярского края, ул. Вейнбаума, 26, и занимал 2 кабинета площадью 32 кв.м., штат составлял 3 человека (главный врач и два методиста).

В ноябре 1997 года на должность главного врача ККЦМП была назначена Кутумова Ольга Юрьевна, которая руководит им до настоящего времени.

К 2002 году в структуре ККЦМП было уже 5 отделов и 15 должностей, число кабинетов увеличилось до 4-х, а занимаемая площадь расширилась до 80 кв.м. В июле 2002 г. ККЦМП приобрел статус юридического лица.

С апреля 2006 г. по договору с краевым управлением государственного имущества ККЦМП занял 5 кабинетов площадью 105 кв.м. в офисном здании по ул. Парижской Коммуны 33, офис 202-203. К тому времени в его штате было уже 22 должности.

В 2009 году ККЦМП заключил Соглашение с Красноярским научным Центром (КНЦ) СО РАН и с Красноярским государственным медицинским университетом об организации Научно-учебно-практического Центра здоровья на базе площадей КНЦ СОРАН (110 кв.м) по адресу «Академгородок, 7а».

Приказом министерства здравоохранения Красноярского края № 264-орг. от 14.05.2012 г. Центр здоровья выделен в отдельное структурное подразделение ККЦМП.

В настоящее время общая площадь двух помещений ККЦМП составляет 220 кв.м., штатное расписание включает 37,5 должностей.