Управление по стратегическому развитию и инновационной деятельности создано в 2013 году. Основными направлениями его деятельности являются: координация и мониторинг выполнения программы развития ФГБОУ ВО СОГМА Минздрава России ; координация и мониторинг выполнения плана мероприятий («дорожная карта») структурных изменений, направленных на повышение эффективности образования, науки и здравоохранения в ФГБОУ ВО СОГМА Минздрава России; сбор и анализ статистических данных от структурных подразделений академии, необходимых для мониторинга деятельности ФГБОУ ВО СОГМА Минздрава России в целом, подготовка документации для участия ФГБОУ ВО СОГМА Минздрава России в различных видах конкурсов, контроль за внедрением инновационных технологий на кафедрах академии.