В структуре подготовительного отделения функционируют: подготовительные курсы для учащихся 9-11 классов, подготовительное отделение для иностранных граждан и специализированные медико-биологические классы (МБК).

Задачей подготовительного отделения, осуществляющего довузовское образование слушателей, входит не только повышение уровня знаний учащихся по базовым естественнонаучным дисциплинам, адаптация их к обучению в системе высшего образования, но и проведение целенаправленной профориентационной работы среди учащейся молодежи с целью привлечения в практическую медицину и медицинскую науку самой талантливой ее части.

За последние годы заключены договора о создании медико-биологических классов с рядом школ города и республики. В течение последних лет заключены договорао совместной деятельности со школой №29 сотрудничество, с которой стало для СОГМА доброй традицией. На протяжении 10 лет (начиная с 1998 года) на базе школы № 29 функционирует МКБ. Также договор о создании МБК года заключен со СОШ №30,СОШ №1 г. Ардон, и ВНСОШ, МБОУ СОШ №18, СОШ №30. Целью специализированных медико-биологических классов является профессиональная ориентация учащихся в отношении будущей профессии и в связи с этим углубленное изучение естественнонаучных дисциплин. В период с 2007 по 2014 года процент поступления учащихся медико-биологических классов составил 82%.
Учебный процесс на подготовительном отделении осуществляется наиболее опытными и квалифицированными преподавателями академии под контролем руководителя и заведующих профильными кафедрами. Кандидатуры преподавателей, осуществляющих довузовскую подготовку слушателей, ежегодно обсуждаются на заседании профильных кафедр и рекомендуются руководству довузовской подготовки.

Подготовительные курсы осуществляют целенаправленную подготовку слушателей к сдаче ЕГЭ по профильным дисциплинам. По каждому предмету разработаны учебные планы, тестовые задания, наборы типовых задач. В целом, выпускники подготовительных курсов, не только успешно сдают ЕГЭ и демонстрируют более глубокие знания в последующем, во время обучения в академии, но и оказываются более адаптированными к процессу учебы в вузе, активными и инициативными участниками внеаудиторной студенческой жизни. За прошедшие годы на подготовительном отделении обучение прошли более 674 слушателя, из них 572 человека стали студентами СОГМА, 61 – других вузов.

Подготовительное отделение СОГМА совместно с подразделениями академии ведет активную профориентационную работу:
- на базе центра практических навыков функционирует кружок «Юный медик», который посещают учащиеся школ города и республики;
- для учащихся школ и слушателей подготовительного отделения проводятся экскурсии на кафедры и в музеи СОГМА;
- проводятся студенческие десанты в школы с лекциями на злободневные темы;
- в 2013 и 2014 годах учащиеся школ и слушатели подготовительного отделения принимают участие в проекте «Диагностическое интернет-тестирование», где пробуют свои силы по профильным дисциплинам.
- 2018 г. - совместно с профессорско-преподавательским составом базовых кафедр Академии и студентами-отличниками проводилась \"Зимняя школа - 2018\"

Ежегодно выездные профориентационные мероприятия в районах республики стали для СОГМА традиционны, это такие районы как Моздокский, Алагирский, Пригородный, Правобережный.Школьников на этих мероприятиях знакомят с правилами поступления в вуз, рассказывают об учебе в нашей академии, о сложной и очень интересной профессии врача.

В академии организуются экскурсии учащихся МБК и слушателей ПК на кафедры академии, в музей организации здравоохранения, анатомический музей и ряд клинических баз. Также учащиеся посещают центр практических навыков академии с целью формирования реальных представлений об особенностях врачебной деятельности, для осознанного и мотивированного выбора ими будущей профессии.
Проводятся встречи руководства академии и деканов факультетов с выпускниками школ города и их родителями.

Ежегодно проводится «День открытых дверей», где будущих абитуриентов знакомят с Правилами приема в вуз и основными специальностями вуза, формами и сроками овладения профессий, перспективами развития.